В статье рассматриваются основы оригинального формального аппарата – исчисление систем как функциональных объектов. Исчисление рассматривается в контексте его использования для формализации процедур системно-объектного анализа слабо-формализуемых систем с целью моделирования процессов адаптации и эволюции таких систем. Рассматриваются базовые понятия исчисления, такие как: системно-объектная модель, узловой объект, потоковый объект, связи системно-объектной модели, структурные компоненты потоковых и узловых объектов. Рассматривается пример абстрактной системы и ее формальное представление средствами исчисления. Кроме того, приводится пример использования метода системно-объектного имитационного моделирования для построения модели системы формирования комбинированного канального сигнала с целью исследования его уровня устойчивости к помехам. Рассмотренные в работе механизмы формализованного описания структуры и функций сложных систем позволяю учитывать при моделировании ряд общесистемных принципов и закономерностей, а также природу моделируемой системы, адекватную решаемой задаче.